南通市第三人民医院始建于1962年，原为南通市传染病医院，现已发展成为一所集医、教、研于一体的具有显著专科特色的综合性医院，是江苏省卫生厅命名的三级甲等医院，南通大学附属南通第三医院，南京中医药大学南通中西医结合临床医学院，江苏省基本现代化医院试点单位，附设南通市肝病研究所。
医院占地面积80亩,建筑面积近8万平方米，开放床位1100张，现有职工1100余人，设有2个门诊部，43个临床医技科室，1个社区卫生服务中心，7个社区卫生服务站（所）。医院医疗设备设施先进，拥有磁共振、螺旋CT、医科达直线加速器、大型平板DSA、DR、CR、彩色多普勒、日本人工肝支持系统、德国费森尤斯血液透析系统、OLYMPUS及富士能系列电子内窥镜、数字胃肠X光机、腹腔镜等医疗设备近千台（件）。医院就医环境舒适，是南通市“花园式单位”。
近年来，南通三院创建了全国首家政府命名的“无红包”医院并保持17年如一日，经受住了400多万患者的检验，2007年又在全国率先创建“白求恩式医院”并取得明显成效，成为全国职业道德建设的一面旗帜。同时，医院在全国最早提出并成功实践“以专科为重点、综合学科协调发展”的专科医院建设创新理论，在提升专科特色的同时，大力发展综合学科，成为一所学科门类齐全、技术力量雄厚的综合性医院，一跃成为全国同级同类医院排头兵。目前，医院拥有肝病科、消化内科等13个省市级重点专科，开展的肝移植手术，疑难重症肝病的诊疗，非典、甲流等突发性感染性疾病的医疗救治，心脏手术，消化内镜系列诊疗法，前列腺电气化等医疗技术已经处于全国及江苏省先进水平。医院获得了“全国文明单位”“全国职工职业道德建设十佳单位”“全国先进基层党组织”“全国五一劳动奖状”“全国卫生系统先进集体”“全国医德建设先进集体”“全国卫生系统思想政治工作先进单位”等多项国家级荣誉。
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