学院创建于1974年，是国内最早建立的六所口腔医学院（系）之一。1976年成立了佳木斯医学院附属口腔医院，是东北三省最早建立的口腔专科医院，也是目前黑龙江省唯一的三级甲等口腔专科医院，1999年更名为佳木斯大学附属口腔医院。1977年开始招收本科生，1994年开始独立培养研究生，1999年口腔医学学科成为省级重点学科，2006年成为一级硕士学位授权学科，2007年口腔医学专业被教育部确定为国家特色专业，2016年被省卫计委认定为省级住院医师规范化培训基地，2019年口腔医学专业被省教育厅评为省一流专业，2020年8月获批国家级住院医师规范化培训基地建设单位。现承担研究生、本科生、继续教育及进修生等多层次的人才培养任务，已培养毕业生4000余人，其中硕士研究生近900人,是黑龙江省最大的口腔医学人才培养基地。
经过近50年建设，医院已发展成为以口腔专科为特色、综合科室全面发展，集医疗、教学和科研为一体的口腔三级甲等专科医院。现拥有一个国内先进口腔医学教育实验中心和一个现代化口腔医学工程实验中心。2009年挂牌成立了佳木斯市口腔医学会、佳木斯市口腔病防治中心。医院高度重视学科建设和科学研究对医疗、教学、科研及服务质量的引领作用，2019年7月，宿玉成教授的 “新型生物医用口腔种植体及配套装备研发团队”项目入选了黑龙江省“头雁”团队计划，2020年8月获批黑龙江省生物医学材料及临床应用重点实验室。
医院是黑龙江省东部地区医疗合作集团主任理事单位、北京大学口腔医院口腔医学数字技术研究与应用联盟单位、东北三省及内蒙古自治区口腔颌面-头颈肿瘤诊治联盟理事单位。
医院开放床位320张，牙科椅位88台，设有颌面外科、牙体牙髓病科、修复科、口腔种植牙科、正畸科、儿童牙病科、牙周粘膜病科等口腔特色科室，拥有医术力量雄厚的综合及医技科室。医院拥有1.5T核磁共振、128层CT、GE超声、CBCT、CAD\CAM等先进医疗设备。
近年先后荣获“全国三八红旗集体”、“黑龙江省精神文明单位标兵”、黑龙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体等荣誉称号。
医院以“精诚、奉献、团结 、创新”为院训，以“艰苦创业、求真务实、开拓创新、奋发有为”为医院精神，以“敬佑生命、救死扶伤、甘于奉献、大爱无疆”为办院宗旨，全院教职工坚持以维护人民群众健康为中心，以精湛的医术和严谨的医风，提高科学管理水平，推动医院高质量发展而努力奋斗。
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