厦门市第二医院的前身是1898年创立于鼓浪屿的教会“救世医院”。1998年7月，厦门市第二医院与海沧医院合并。2003年11月，与集美医院合并，并将总部由鼓浪屿迁至集美，成为厦门市岛外最大的综合性医院，目前医院拥有集美和海沧两个院区。2004年加挂“嘉庚医院”的牌子，提高了与海外的交流力度。实际开放床位502张，二期将再开放400张以上床位，2007年初床位达900余张。
厦门市第二医院现有职工918人，其中专业技术人员754人，高级职称89人，中级职称160人，硕士以上30人，博士7人。医院年门诊量55万人次，年出院病人1.7余万人次，年手术量6000余台。
厦门市第二医院开设17个临床科室和7个医技科室，部分专科已达到“三级甲等”医院重点专科水平：市呼吸疾病诊治中心（肺科）、血液净化（肾内科）、腔镜诊疗科、心脑血管病诊疗科、妇产科、泌尿外科、骨科、儿科、消化内科等饮誉厦门乃至省内外，其中，市呼吸疾病诊治中心（肺科）为我市重点学科，职业病防治、中毒救治专科以及妇科腔镜专科为我市规划重点专科。
厦门市第二医院在闽南地区率先开展电视腹腔镜行胆囊切除的微创手术以来，累计开展各类微创诊疗项目百余项，成功地完成各类高难度的微创治疗手术10000多例，手术例数、技术难度均为全省前列，其中相当多数项目的技术水平已经达到国内先进，部分项目填补了省内、市内空白。自1997年以来，先后有三项科研课题分别获得省市科技进步二、三等奖。近几年来，我院腔镜系列手术在普外、胸外、泌尿外、妇科等方面取得快速发展，已形成多学科微创诊疗体系。随着ICU、神经外科的成立，创伤救治已成为医院的重点品牌之一。
厦门市第二医院拥有全国首台气道超声设备和气道冷激发试验设备、厦门首台双屏幕纤维支气管镜设备、日本超细（直径0.5厘米）电子鼻胃镜、闽南首台小巨人体外震波碎石机、激光（双频双脉冲）碎石机，拥有腔镜外科全套设备及气压弹道碎石系列设备，西门子800毫安、岛津800毫安X线机，贝克曼全自动大型生化分析仪，瑞典金宝系列血液透析机，原装进口彩超，数字胃肠X光机，等离子前列腺汽化电切仪，电子显微镜，柯达DR，先进的四排及双排全身螺旋CT等医疗设备。
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